Το έργο του ΒΚΚ υποστηρίζεται και εξελίσσεται επιστημονικά μέσω των συνεργασιών με σημαντικούς φορείς τόσο σε εθνικό όσο και σε διεθνές επίπεδο.

• The Stanley Smith Horticultural Trust, Cambridge
• Ινστιτούτο Γενετικής Βελτίωσης & Φυτογενετικών Πόρων ΕΛΓΟ-ΔΗΜΗΤΡΑ
• Flora Ionica Team, Department of Botany University of Vienna
• Millenium Seed Bank
• Hippocrates for Life
• Βαλκανικός Βοτανικός Κήπος Κρουσσίων
• Τμήμα Φαρμακογνωσίας και Χημείας Φυσικών Προϊόντων, ΕΚΠΑ
• Τμήμα Τεχνολογίας Τροφίμων, Ιόνιο Πανεπιστήμιο