Ο πρωταρχικός σκοπός ενός Βοτανικού Κήπου είναι η ex situ προστασία φυτών.

Η αποστολή μας στο Βοτανικό Κήπο Κεφαλονιάς είναι, μέσω των ζωντανών συλλογών, να επικοινωνήσουμε στο ευρύτερο κοινό την άμεση σύνδεση και εξάρτηση φυτών και ανθρώπου και τη σπουδαία σημασία που έχει η διατήρηση της χλωριδικής ποικιλότητας, πρωτίστως στα ίδια τους τα ενδιαιτήματα.

Στον Κήπο διατηρούμε μια μοναδική μικρή συλλογή με ενδημικά και σπάνια είδη της φυτογεωγραφικής περιοχής των Ιονίων Νήσων.

Οι ζωντανές συλλογές, η συλλογή σπερμάτων καθώς και το Ερμπάριο του Κήπου εμπλουτίζονται κάθε χρόνο, έπειτα από βοτανικές αποστολές που πραγματοποιούμε στο Ιόνιο.