Οι Συλλογές του ΒΚΚ δημιουργήθηκαν έπειτα από πολυάριθμες βοτανικές αποστολές στα Επτάνησα, καθώς και από την αυτοφυή χλωρίδα του Κήπου. Σε μεμονωμένα τμήματα του Κήπου, όπως ο Αστικός Κήπος, επιλέχθηκαν ξενικά είδη μεσογειακής βλάστησης με ανθεκτικότητα στα ξηρά και ζεστά καλοκαίρια του νησιού. Σήμερα, η χλωρίδα του Κήπου περιλαμβάνει 350 είδη, όπου τα δενδρώδη και θαμνώδη φυτά αποτελούν μόνιμο κομμάτι της συλλογής, ενώ από τα ποώδη μονοετή ή πολυετή είδη γίνεται επιλογή ανάλογα με το τι θέλουμε να αναδείξουμε κάθε φορά.

Παράλληλα, πραγματοποιήθηκε καταγραφή της αυτοφυούς χλωρίδας του Κήπου, όπου εντοπίστηκαν και ταυτοποιήθηκαν 200 φυτικά είδη.

Η ζωντανή συλλογή του Κήπου παρουσιάζει σήμερα πάνω από 350 είδη στις εξής ενότητες:

1. Φρύγανα
2. Ενδημικά και Σπάνια
3. Βολβοί
4. Λιβάδι / αγριολούλουδα
5. Φαρμακευτικός κήπος
6. Αστικός Κήπος
7. Λίμνη / υδρόφιλα είδη
8. Μακία βλάστηση