Το 2006 υλοποιήθηκε ένα ερευνητικό πρόγραμμα με υπεύθυνους την κα. Νόπη Παρχαρίδου και τον ταξινόμο Δρ. Νικόλαο Κρίγκα. Το πρόγραμμα αφορούσε την καταγραφή και ταυτοποίηση των ειδών που φύονται μέσα στο περιβάλλον του ΒΚΚ. Τα φυτά που συλλέχθηκαν αποτέλεσαν τη «μαγιά» για την δημιουργία του Ερμπαρίου. Σήμερα, η συλλογή των αποξηραμένων φυτών διατηρείται σε ειδικό χώρο και νέα είδη προστίθενται κάθε χρόνο. Με την επιστημονική στήριξη και την τεχνογνωσία της ομάδας του Flora Ionica Project του Τμήματος Βοτανικής του Πανεπιστημίου της Βιέννης, η συλλογή έχει ψηφιοποιηθεί και φιλοξενείται στην παγκόσμια πλατφόρμα Ερμπαρίων ‘Virtual Herbaria’